Σχέδιο σχεδίασης και λύση πολυπεπτιδικής πεπτιδικής αλυσίδας

I. Περίληψη
Τα πεπτίδια είναι ειδικά μακρομόρια έτσι ώστε οι αλληλουχίες τους να είναι ασυνήθιστες ως προς τα χημικά και φυσικά τους χαρακτηριστικά.Μερικά πεπτίδια είναι δύσκολο να συντεθούν, ενώ άλλα είναι σχετικά εύκολο να συντεθούν αλλά δύσκολο να καθαριστούν.Το πρακτικό πρόβλημα είναι ότι τα περισσότερα πεπτίδια είναι ελαφρώς διαλυτά σε υδατικά διαλύματα, επομένως στον καθαρισμό μας, το αντίστοιχο μέρος του υδρόφοβου πεπτιδίου πρέπει να διαλυθεί σε μη υδατικούς διαλύτες. Επομένως, αυτοί οι διαλύτες ή τα ρυθμιστικά διαλύματα είναι πιθανό να είναι σοβαρά ασυμβίβαστα με τη χρήση βιολογικών πειραματικών διαδικασιών, έτσι ώστε οι τεχνικοί να απαγορεύεται αυστηρά να χρησιμοποιούν το πεπτίδιο για τους δικούς τους σκοπούς, έτσι ώστε τα ακόλουθα είναι διάφορες πτυχές του σχεδιασμού των πεπτιδίων για τους ερευνητές.

Σχέδιο σχεδίασης και λύση πολυπεπτιδικής πεπτιδικής αλυσίδας
Δεύτερον, η σωστή επιλογή συνθετικών δύσκολων πεπτιδίων
1. Συνολικό μήκος των προς τα κάτω ρυθμιζόμενων ακολουθιών
Πεπτίδια με λιγότερα από 15 υπολείμματα είναι ευκολότερο να ληφθούν επειδή το μέγεθος του πεπτιδίου αυξάνεται και η καθαρότητα του ακατέργαστου προϊόντος μειώνεται.Καθώς το συνολικό μήκος της πεπτιδικής αλυσίδας αυξάνεται πέρα ​​από 20 υπολείμματα, η ακριβής ποσότητα του προϊόντος αποτελεί βασικό μέλημα.Σε πολλά πειράματα, είναι εύκολο να έχουμε απροσδόκητα αποτελέσματα μειώνοντας τον αριθμό των υπολειμμάτων κάτω από 20.
2. Μειώστε τον αριθμό των υδρόφοβων υπολειμμάτων
Πεπτίδια με μεγάλη επικράτηση υδρόφοβων υπολειμμάτων, ειδικά στην περιοχή 7-12 υπολείμματα από το C-άκρο, συνήθως προκαλούν συνθετικές δυσκολίες.Αυτό θεωρείται ως ένας ανεπαρκής συνδυασμός ακριβώς επειδή λαμβάνεται ένα φύλλο διπλώματος Β στη σύνθεση."Σε τέτοιες περιπτώσεις, μπορεί να είναι χρήσιμο να μετατραπούν περισσότερα από δύο θετικά και αρνητικά υπολείμματα ή να τοποθετήσετε το Gly ή το Pro στο πεπτίδιο για να ξεκλειδώσετε τη σύνθεση του πεπτιδίου."
3. Κατάρρευση των «δύσκολων» υπολειμμάτων
"Υπάρχει ένας αριθμός υπολειμμάτων Cys, Met, Arg και Try που γενικά δεν συντίθενται εύκολα."Το Ser θα χρησιμοποιείται τυπικά ως μη οξειδωτική εναλλακτική του Cys.
Σχέδιο σχεδίασης και λύση πολυπεπτιδικής πεπτιδικής αλυσίδας

Τρίτον, βελτιώστε τη σωστή επιλογή του διαλυτού στο νερό
1. Προσαρμόστε το άκρο N ή C
Σε σχέση με όξινα πεπτίδια (δηλαδή, αρνητικά φορτισμένα σε pH 7), συνιστάται ιδιαίτερα η ακετυλίωση (ακετυλίωση Ν-τελικού, C άκρο διατηρώντας πάντα μια ελεύθερη καρβοξυλική ομάδα) για την αύξηση του αρνητικού φορτίου.Ωστόσο, για βασικά πεπτίδια (δηλαδή, θετικά φορτισμένα σε pH 7), η αμίνωση (ελεύθερη αμινομάδα στο Ν-άκρο και αμίνωση στο C-άκρο) συνιστάται ιδιαίτερα για την αύξηση του θετικού φορτίου.

2. Μειώστε ή επιμηκύνετε πολύ την ακολουθία

Μερικές από τις αλληλουχίες περιέχουν μεγάλο αριθμό υδρόφοβων αμινοξέων, όπως Trp, Phe, Val, Ile, Leu, Met, Tyr και Ala, κ.λπ. Όταν αυτά τα υδρόφοβα υπολείμματα υπερβαίνουν το 50%, συνήθως δεν είναι εύκολο να διαλυθούν.Μπορεί να είναι χρήσιμη η επιμήκυνση της αλληλουχίας για περαιτέρω αύξηση των θετικών και αρνητικών πόλων του πεπτιδίου.Η δεύτερη επιλογή είναι να ρυθμίσετε προς τα κάτω το μέγεθος της πεπτιδικής αλυσίδας για να αυξήσετε τους θετικούς και αρνητικούς πόλους ρυθμίζοντας προς τα κάτω τα υδρόφοβα υπολείμματα.Όσο πιο ισχυρές είναι οι θετικές και αρνητικές πλευρές της πεπτιδικής αλυσίδας, τόσο πιο πιθανό είναι να αντιδράσει με το νερό.
3. Βάλτε ένα υδατοδιαλυτό υπόλειμμα
Για ορισμένες πεπτιδικές αλυσίδες, ο συνδυασμός ορισμένων θετικών και αρνητικών αμινοξέων μπορεί να βελτιώσει τη διαλυτότητα στο νερό.Η εταιρεία μας συνιστά το Ν-άκρο ή το C-άκρο των όξινων πεπτιδίων να συνδυαστούν με Glu-Glu.Το Ν ή Ο άκρο του βασικού πεπτιδίου δόθηκε και μετά Lys-Lys.Εάν η φορτισμένη ομάδα δεν μπορεί να τοποθετηθεί, το Ser-Gly-Ser μπορεί επίσης να τοποθετηθεί στο N ή C άκρο.Ωστόσο, αυτή η προσέγγιση δεν λειτουργεί όταν οι πλευρές της πεπτιδικής αλυσίδας δεν μπορούν να αλλάξουν.