Τύποι βιβλιοθηκών πεπτιδίων

Βιβλιοθήκη σάρωσης αλανίνης
    Η βιβλιοθήκη πεπτιδίων σάρωσης Ala είναι μια μέθοδος για τον εντοπισμό των επιδράσεων συγκεκριμένων αμινοξέων σε μια αλληλουχία στη λειτουργία των πεπτιδίων. Αντικαθιστούμε διαδοχικά τα αμινοξέα της αλληλουχίας με Ala. Μέσω της βιβλιοθήκης πεπτιδίων σάρωσης Ala, μπορεί να αναγνωριστεί η επίδραση συγκεκριμένων αμινοξέων στη συνολική δομή της πρωτεΐνης, τη λειτουργία και άλλες βιολογικές δραστηριότητες.

Βιβλιοθήκη σάρωσης θέσης (PSL)
    Μια βιβλιοθήκη πεπτιδίων σάρωσης θέσης είναι ένα σημαντικό εργαλείο για τη βελτιστοποίηση των αλληλουχιών πεπτιδίων. Αντικαθιστά συστηματικά άλλα αμινοξέα για επιλεγμένες περιοχές ή θέσεις ενός πεπτιδίου και καθορίζει τα βέλτιστα αμινοξέα σε αυτές τις θέσεις μέσω δοκιμασιών πεπτιδικής δραστηριότητας. Αυτός ο τύπος βιβλιοθήκης πεπτιδίων βοηθά τους ερευνητές να εντοπίσουν συγκεκριμένες περιοχές που έχουν συγκεκριμένα αποτελέσματα ή δραστηριότητες σε συγκεκριμένες θέσεις.

Επικαλυπτόμενη βιβλιοθήκη

Η επικαλυπτόμενη βιβλιοθήκη πεπτιδίων είναι μια κοινή μέθοδος για τη διαλογή γραμμικών ή συνεχών επιτόπων. Ο σχεδιασμός της βιβλιοθήκης πεπτιδίων καθορίζεται κυρίως από δύο παραμέτρους: το μήκος πεπτιδίου και τον αριθμό μετατόπισης. Καθώς η πρωτεΐνη περικόπτεται από το Ν-άκρο στο Ο-άκρο, είναι πιθανό να μείνει ένα ορφανό πεπτίδιο στο τέλος. Για να διατηρήσετε σταθερό μήκος, συνιστούμε τη μετατόπιση ενός ή περισσότερων αμινοξέων από το Ν-άκρο.

Βιβλιοθήκες πεπτιδίων περικοπής

Οι βιβλιοθήκες πεπτιδίων περικοπής χρησιμοποιούνται για την αναγνώριση των συντομότερων αλληλουχιών αμινοξέων μέσα σε μια πεπτιδική αλληλουχία. Η κατασκευή βιβλιοθηκών πεπτιδίων περικοπής τυπικά περιλαμβάνει συστηματική αφαίρεση αμινοξέων και από τα δύο άκρα της αρχικής πεπτιδικής αλληλουχίας. Εάν είναι γνωστά ορισμένα σημαντικά αμινοξέα, αυτά τα αμινοξέα θα πρέπει να διατηρηθούν και στη συνέχεια τα αμινοξέα αφαιρούνται ένα προς ένα από το άλλο άκρο του πεπτιδίου για να ξεκινήσει η διαλογή.

Τυχαία βιβλιοθήκη πεπτιδίων

Οι τυχαίες βιβλιοθήκες πεπτιδίων σχεδιάζονται μέσω μιας προσέγγισης κυνηγετικού όπλου για να περιλαμβάνουν τα 20 φυσικά αμινοξέα, ενώ ταυτόχρονα αντικαθιστούν τυχαία επιλεγμένα υπολείμματα αμινοξέων.

Κωδικοποιημένη Βιβλιοθήκη

Ο σχεδιασμός των ανακατεμένων βιβλιοθηκών βασίζεται σε εσωτερικές αναδιατάξεις της αρχικής αλληλουχίας αμινοξέων πεπτιδίων. Είναι η βιβλιοθήκη πεπτιδίων με τον υψηλότερο βαθμό μετάλλαξης. Τα διασπασμένα πεπτίδια χρησιμοποιούνται συχνά ως αρνητικοί μάρτυρες για να αποδειχθεί ότι συγκεκριμένες αλληλουχίες είναι κρίσιμες για τη λειτουργία ή τη δραστηριότητα της πρωτεΐνης. Είναι επίσης ένα εργαλείο τυχαίας διαλογής που χρησιμοποιείται για τον εντοπισμό νέων στόχων.