Συνθετικά πεπτίδια και ανασυνδυασμένες πρωτεΐνες που δρουν ξεχωριστά ως αντιγόνα

Τα ανασυνδυασμένα αντιγόνα πρωτεΐνης συχνά έχουν διάφορα διαφορετικά επίτοπα, μερικά από τα οποία είναι επίτοποι αλληλουχίας και μερικά είναι δομικά επίτοπα. Τα πολυκλωνικά αντισώματα που λαμβάνονται με ανοσοποίηση ζώων με μετουσιωμένα αντιγόνα είναι μείγματα αντισωμάτων ειδικά για μεμονωμένα επίτοπα και μπορούν να χρησιμοποιηθούν γενικά για την ανίχνευση φυσικών δομών ή μετουσιωμένων πρωτεϊνών -στόχων. Ένα πλευρικό πλεονέκτημα της χρήσης μετουσιωμένων πρωτεϊνών ως ανοσογόνων είναι ότι οι μετουσιωμένες πρωτεΐνες τείνουν να είναι πιο ανοσογόνες και μπορούν να διεγείρουν μια ισχυρή ανοσοαπόκριση στα ζώα.

Το σύστημα έκφρασης του Escherichia coli επιλέγεται συνήθως για αντιγονικούς σκοπούς επειδή είναι το πιο δαπανηρό σύστημα όσον αφορά το χρόνο και τα χρήματα. Προκειμένου να βελτιωθεί η πιθανότητα έκφρασης πρωτεΐνης -στόχου και η ευκολία του καθαρισμού, μερικές φορές εκφράζεται μόνο ένα μικρό κομμάτι της πρωτεΐνης -στόχου, όπως ένας συγκεκριμένος τομέας.

Η τρισδιάστατη δομή των πρωτεϊνών

Ο συγκεκριμένος τομέας μιας πρωτεΐνης

Εάν ο σκοπός της παρασκευής αντισωμάτων είναι αποκλειστικά για ανίχνευση WB, είναι οικονομικό και γρήγορο να χρησιμοποιείται συνθετικό μικρό πεπτίδιο ως αντιγόνο, αλλά υπάρχει κίνδυνος ασθενούς ανοσογονικότητας ή μη αναγκαστικότητας λόγω της ακατάλληλης επιλογής του πεπτιδικού τμήματος. Δεδομένου ότι η προετοιμασία αντισωμάτων απαιτεί μεγάλο χρονικό διάστημα, δύο ή τρία διαφορετικά πεπτιδικά τμήματα επιλέγονται συχνά για την παρασκευή αντισωμάτων χρησιμοποιώντας πολυπεπτιδικό αντιγόνο για να εξασφαλιστεί το ποσοστό επιτυχίας του πειράματος.

Η καθαρότητα του πολυπεπτιδικού αντιγόνου για ανοσοποίηση απαιτείται να είναι μεγαλύτερη από 80%. Αν και μια υψηλότερη καθαρότητα μπορεί θεωρητικά να αποκτήσει αντισώματα με καλύτερη εξειδίκευση, στην πράξη, τα ζώα παράγουν πάντα ένα μεγάλο αριθμό μη ειδικών αντισωμάτων, κάνοντας έτσι τα οφέλη της καθαρότητας του αντιγόνου.

Επιπλέον, η παρασκευή αντισωμάτων από μικρά πεπτίδια πρέπει να συνδεθεί σταυροειδώς στο κατάλληλο αντιγόνο φορέα για να ενισχύσει την ανοσογονικότητά του. Δύο συνηθισμένοι αντιγονικοί φορείς είναι KLH και BSA.